در پی رحلت رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، حضرت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی (رضوان‌الله‌علیه)، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت ایشان را تسلیت گفتند.
 متن پیام به این شرح است:
 
بسم‌الله الرحمن الرحیم

انّا لله و انّا الیه راجعون
 
با دریغ و تأسف خبر درگذشت ناگهانی رفیق دیرین، و همسنگر و همگام دوران مبارزات نهضت اسلامی، و همکار نزدیک سالهای متمادی در عهد جمهوری اسلامی جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ اکبر هاشمی رفسنجانی را دریافت کردم. فقدان همرزم و همگامی که سابقه‌ی همکاری و آغاز همدلی و همکاری با وی به پنجاه و نه سال تمام می‌رسد، سخت و جانکاه است. چه دشواریها و تنگناها که در این دهها سال بر ما گذشت و چه همفکریها و همدلیها که در برهه‌های زیادی ما را با یکدیگر در راهی مشترک به تلاش و تحمل و خطرپذیری کشانید. هوش وافر و صمیمیت کم‌نظیر او در آن سالها، تکیه‌گاه مطمئنی برای همه‌ی کسانی که با وی همکار بودند به ویژه برای اینجانب به شمار می‌آمد. اختلاف نظرها و اجتهادهای متفاوت در برهه‌هائی از این دوران طولانی هرگز نتوانست پیوند رفاقتی را که سرآغاز آن در بین‌الحرمین کربلای معلّی بود به کلی بگسلد و وسوسه‌ی خناسانی که در سالهای اخیر با شدّت و جدیت در پی بهره‌برداری از این تفاوتهای نظری بودند، نتوانست در محبت شخصی عمیق او نسبت به این حقیر خلل وارد آورد.

او نمونه‌ی کم‌نظیری از نسل اوّل مبارزان ضد ستم‌شاهی و از رنج‌دیدگان این راه پر خطر و پر افتخار بود.

سال ها زندان و تحمل شکنجه‌های ساواک و مقاومت در برابر این همه و آنگاه مسئولیتهای خطیر در دفاع مقدس و ریاست مجلس شورای اسلامی و مجلس خبرگان و غیره، برگهای درخشان زندگی پرفراز و نشیب این مبارز قدیمی است.

با فقدان هاشمی اینجانب هیچ شخصیت دیگری را نمی‌شناسم که تجربه ای مشترک و چنین دراز مدت را با او در نشیب و فرازهای این دوران تاریخ ساز به یاد داشته باشم.

اکنون این مبارز کهنسال در محضر محاسبه‌ی الهی با پرونده‌ئی مشحون از تلاش و فعالیت گوناگون قرار دارد، و این سرنوشت همه‌ی ما مسئولان جمهوری اسلامی است.

غفران و رحمت و عفو الهی را برای وی از صمیم قلب تمنا میکنم و به همسر گرامی و فرزندان و برادران و دیگر بازماندگان ایشان تسلیت عرض میکنم.

غفرالله لنا و له
سید علی خامنه‌ای
 ۱۹ دیماه ۱۳۹۵